I batteri del latte sono i responsabili dei buchi presenti nel formaggio. Questi batteri vengo aggiunti al latte all'inizio del processo di produzione del formaggio. Durante la stagionatura i batteri si nutrono dello zucchero presente nel latte (lattosio), producendo così anidride carbonica. Visto che l'anidride carbonica non può fuoriuscire dalla crosta, si formano dei rigonfiamenti localizzati nella pasta del formaggio. La quantità di fori nel formaggio varia a seconda della quantità dei batteri ivi presenti. La temperatura del locale dove il formaggio viene lasciato stagionare determina la grandezza dei buchi, poiché più calore c'è più i buchi diventano grandi. Alcuni buchi sono presenti anche prima del processo di stagionatura. I piccoli buchi che si formano in alcuni tipi di formaggi (ad es. Tilsiter) si formano perché il formaggio non è pressato in una forma, ma è invece stratificato a mano.
Nel formaggio Emmentaler, inoltre, vengono aggiunti anche dei batteri propionici che producono ancora più anidride carbonica. Dei ricercatori svizzeri hanno scoperto che il numero dei buchi nel formaggio Emmentaler dipende dalla quantità di microparticelle di fieno che finiscono nel latte.
